Menurutnya, berkas hasil penyelidikan Komnas HAM telah diserahkan kepada Jaksa Agung. Berkas 13 kasus dugaan pelanggaran HAM berat telah lama diserahkan oleh Komnas HAM kepada Jaksa Agung, namun, katanya, penanganannya macet di Jaksa Agung.
Dia menegaskan, sesuai dengan ketentuan UU No.26/2000 tentang Pengadilan HAM, Komnas HAM diberi kewenangan sebagai penyelidik. Kewenangan sebagai penyelidik itu diberikan kepada Komnas HAM dengan alasan Komnas HAM adalah lembaga negara mandiri.
Sehubungan dengan 13 kasus pelanggaran HAM yang berat, Komnas HAM telah menyelesaikan tugasnya sesuai kewenangan yang diberikan oleh UU. Selanjutnya yang berwenang untuk menindaklanjuti berkas penyelidikan Komnas HAM itu adalah penyidik, yaitu Jaksa Agung.
Selain itu, Amiruddin juga menegaskan proses pertanggungjawaban atas terjadinya pelanggaran HAM yang berat, yaitu kejahatan terhadap kemanusian (crime againts humanity) tidak boleh dilakukan secara serampangan, dan tanpa konsep yang jelas.
