Syahganda menambahkan penguatan pendidikan pesantren juga dilakukan melalui pembenahan kelembagaan. Setelah diusulkan sejak 2019, Direktorat Jenderal Pesantren resmi terbentuk pada Maret 2026.

Kehadiran direktorat jenderal ini memberikan ruang kelembagaan khusus bagi sekitar 42 ribu pondok pesantren untuk memperkuat penyelenggaraan pendidikan, perlindungan santri, dan kemandirian ekonomi.

Pembentukan lembaga tersebut menjadi bagian dari upaya memperkuat peran pesantren, tidak hanya sebagai tempat menimba ilmu agama, tetapi juga sebagai institusi pendidikan yang berkontribusi terhadap pembangunan sumber daya manusia dan kehidupan sosial masyarakat.

Syahganda menegaskan rangkaian kebijakan tersebut menjadi fondasi untuk menyiapkan generasi santri dan madrasah yang mampu bersaing, memiliki akhlak yang baik, serta menghargai keberagaman di tengah kehidupan berbangsa dan bernegara.

Melalui penguatan kualitas guru, pemerataan akses pendidikan, pemenuhan kebutuhan dasar siswa, dan pengembangan pesantren, pemerintah menempatkan pendidikan keagamaan sebagai bagian dari upaya menyiapkan generasi masa depan.