Sebelumnya, proses pemilihan dan pelantikan Rektor UINSA periode 2026–2030 memunculkan keberatan dari sejumlah unsur sivitas akademika. Aspirasi mengenai proses pemilihan rektor dan tata kelola kampus kemudian disampaikan kepada Komisi VIII DPR RI dalam rapat dengar pendapat umum pada Senin (21/9).
Polemik tersebut juga diwarnai aksi mahasiswa yang menolak kepemimpinan Muzakki hingga penyegelan kampus dan terganggunya kegiatan perkuliahan.
Dalam rapat kerja bersama Menteri Agama pada Selasa (22/9), Komisi VIII DPR RI meminta persoalan tersebut segera diselesaikan dan mendesak penangguhan jabatan Rektor UINSA agar polemik tidak terus mengganggu kegiatan akademik.
Pada hari yang sama, Muzakki kemudian menyampaikan surat pengunduran diri kepada Kementerian Agama.
