Komposisi itu kemudian diubah menjadi Panitia Sembilan yang terdiri atas empat wakil kelompok nasionalis, empat wakil kelompok Islam, dan satu wakil Kristen.
"Panitia Sembilan tugasnya mencari kompromi, apakah negara Islam atau negara sekuler, karena Indonesia akan segera merdeka," jelas Mahfud.
Dari pembahasan Panitia Sembilan lahirlah Piagam Jakarta sebagai hasil kesepakatan mengenai dasar negara. Mahfud menjelaskan rumusan tersebut kemudian dibawa ke sidang BPUPKI sebagai hasil pembahasan Panitia Sembilan.
Namun, setelah Proklamasi Kemerdekaan Indonesia pada 17 Agustus 1945, rumusan Piagam Jakarta mengalami perubahan dalam sidang Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia (PPKI) pada 18 Agustus 1945.
Mahfud menjelaskan Mohammad Hatta menyampaikan apabila rumusan Piagam Jakarta tetap memuat ketentuan mengenai syariat Islam, Indonesia bagian timur akan keluar dari Republik.
"Kata Bung Hatta, kalau masih ada kata Islam, orang Indonesia bagian timur akan keluar dari Republik," tutur Mahfud.
Mahfud menjelaskan bahwa dalam sidang PPKI pada 18 Agustus 1945 dilakukan perubahan terhadap sejumlah rumusan dalam Piagam Jakarta, termasuk perubahan sila pertama menjadi Ketuhanan Yang Maha Esa, penghapusan ketentuan Presiden harus beragama Islam, serta perubahan rumusan mengenai syariat Islam.
"Semua kata Islam dicoret dari konstitusi. Ketuhanan dengan kewajiban menjalankan syariat Islam bagi pemeluk-pemeluknya diubah menjadi Ketuhanan Yang Maha Esa," kata Mahfud.
