Agenda kedua mencakup tiga kegiatan prioritas nasional yang menjadi penugasan BNPP. Kegiatan tersebut meliputi fasilitasi pemberdayaan masyarakat pesisir yang peduli terhadap aspek keamanan, keselamatan, penegakan hukum, serta penyelesaian batas wilayah laut Indonesia-Australia dan Indonesia-Timor Leste yang belum tuntas.
Selain itu, BNPP akan melaksanakan bimbingan teknis peningkatan kapasitas aparatur pemerintahan di Kabupaten Timor Tengah Utara serta memfasilitasi dan mengoordinasikan percepatan penyelesaian readiness criteria pembangunan tiga PLBN yang telah memiliki Peraturan Presiden (Perpres), tetapi pembangunan fisiknya belum terlaksana.
