Unsur warna merah putih banyak ditemukan di bendera atau panji kerajaan Nusantara. Salah satunya digunakan oleh Kerajaan Majapahit.
Dalam Prasasti Butak (1294), disebutkan bahwa bendera kebesaran Majapahit dijuluki Sang Saka Getih-Getah Samudra. Warna merah putih melambangkan kejayaan dan perang dengan sembilan garis horizontal: lima merah dan empat putih.
Selain Majapahit, bendera atau panji-panji merah putih juga digunakan oleh Kerajaan Kediri, Kerajaan Bugis, perang di Aceh, hingga Pangeran Diponegoro. Bahkan tokoh terkenal dari tanah Batak, Sisingamangaraja IX, juga menggunakan warna merah putih sebagai bendera perangnya.
Pangeran Diponegoro disebutkan menggunakan umbul-umbul berwarna merah putih saat berjuang melawan Belanda, tepatnya pada saat Perang Jawa 1825 hingga 1830.
Bendera Merah Putih pertama kali digunakan oleh Perhimpunan Mahasiswa Indonesia pada 1922 di Belanda saat menghadiri konferensi Driebergen sebagai simbol pergerakan nasional. Kala itu, bendera memiliki simbol kepala kerbau (atau banteng) di tengahnya.
Kemudian bendera Merah Putih juga digunakan saat Kongres Pemuda II pada 28 Oktober 1928. Pada kongres ini pula lagu kebangsaan 'Indonesia Raya' pertama kali diperdengarkan.
Setelahnya, Belanda melarang penggunaan Merah Putih hingga Jepang menduduki Indonesia, barulah gagasan menggunakan bendera Merah Putih kembali muncul. Saat itu Jepang mengizinkan penggunaan terbatas.
