Beberapa rekomendasi itu antara lain meninjau kembali mekanisme pemberian bantuan pemerintah, membangun sistem pelaporan dan verifikasi keuangan yang baku, serta menetapkan indikator keberhasilan MBG yang terukur.

Selain melakukan kajian, KPK sempat menyelidiki dugaan korupsi dalam program MBG. Namun, penyelidikan tersebut dihentikan sementara agar tidak tumpang tindih dengan penanganan perkara oleh Kejaksaan Agung (Kejagung) yang telah lebih dahulu melakukan penyidikan.