Setelah melalui proses diplomatik, Indonesia dan Filipina menyepakati pemindahan Mary Jane. Kesepakatan tersebut ditandatangani pada 6 Desember 2024, dan Mary Jane kemudian dipulangkan ke Filipina pada 18 Desember 2024.

Sejak pemulangan tersebut, tanggung jawab pembinaan Mary Jane berada pada Pemerintah Filipina. Presiden Ferdinand Marcos Jr. kemudian memberikan absolute pardon kepada Mary Jane pada 25 September 2026.