Selain transparansi anggaran, pemerintah daerah perlu memastikan penggunaan Dana Otsus selaras dengan dokumen perencanaan pembangunan di tingkat provinsi maupun kabupaten.
Keselarasan itu mencakup Rencana Induk Percepatan Pembangunan (RIPP), Rencana Aksi Percepatan Pembangunan (RAPP), Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah (RPJPD), Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD), Rencana Kerja Pemerintah Daerah (RKPD), hingga rencana kerja perangkat daerah.
Dengan demikian, menurut Sumule, program yang dibiayai Dana Otsus memiliki keterkaitan yang jelas dengan sasaran pembangunan.
Ia mengatakan pemerintah daerah juga perlu memperkuat koordinasi antara pemerintah provinsi dan kabupaten dalam pelaksanaan program sesuai dengan kewenangan masing-masing.
Salah satunya pada sektor pendidikan karena kebijakan Otonomi Khusus Papua memberikan perhatian khusus terhadap pemenuhan layanan pendidikan bagi Orang Asli Papua (OAP), mulai dari pendidikan anak usia dini hingga pendidikan tinggi.
