Menag juga meminta agar distingsi pesantren dirumuskan secara jelas, sehingga memiliki identitas dan karakter yang dapat dibedakan dari pendidikan Islam pada umumnya.
Hal itu mencakup perumusan ontologi, epistemologi, metodologi, dan aksiologi pesantren, termasuk pemetaan pemangku kepentingan yang akan terlibat dan memanfaatkan lulusan pesantren.
Menag menyebut Ditjen Pesantren seperti membangun sebuah rumah baru yang masih membutuhkan banyak perangkat untuk dapat berfungsi secara optimal. Meski merupakan lembaga baru dengan sumber daya yang masih terbatas, ia berharap Ditjen Pesantren mampu menghadirkan karakter dan daya tarik tersendiri.
βBiasanya rumah baru itu lebih cantik daripada rumah lama, dan itu kami berharap seperti itu. Walaupun pendatang baru, walaupun anggarannya mungkin juga sangat terbatas, tetapi akan menampilkan sosok yang mempunyai daya tarik tersendiri,β kata dia.
Adapun lima pejabat yang dilantik, yakni Arsad Hidayat sebagai Sekretaris Direktorat Jenderal Pesantren Kementerian Agama, Mastuki sebagai Direktur Bina Pendidikan Muadalah dan Diniyah Formal Direktorat Jenderal Pesantren Kementerian Agama.
Kemudian, Adib sebagai Direktur Maβhad Aly Direktorat Jenderal Pesantren Kementerian Agama, Mahrus sebagai Direktur Bina Dakwah Pesantren dan Pendidikan Non Formal Direktorat Jenderal Pesantren Kementerian Agama, dan Yusi Damayanti sebagai Direktur Pemberdayaan Pesantren Kementerian Agama.