Menurutnya, selama ini pesantren masih berada di bawah struktur Direktorat Jenderal Pendidikan Islam sehingga ruang pengembangan dan dukungan anggaran harus berbagi dengan direktorat lainnya.

“Dengan mandirinya Ditjen Pesantren, maka pesantren bukan lagi subordinasi daripada Pendidikan Islam, tetapi suatu entitas yang setara, sejajar dengan Ditjen Pendidikan Islam,” katanya.

Menurut dia, perubahan kelembagaan tersebut juga akan diikuti dengan penajaman konsep mengenai identitas, misi, dan fungsi pesantren dalam sistem pendidikan nasional.