Dari total luas kawasan, KKP menetapkan 1.673,39 ha sebagai zona inti, 159.176,02 ha zona pemanfaatan terbatas, dan 2.024,62 ha sebagai zona lain sesuai peruntukan kawasan.
Menurut Firdaus, zonasi tersebut mengakomodasi kepentingan perlindungan, sekaligus pemanfaatan sumber daya laut dengan tetap menjaga fungsi ekologis kawasan.
Kawasan Maksegara memiliki ekosistem terumbu karang dan padang lamun serta menjadi habitat sejumlah biota laut dilindungi, termasuk penyu dan dugong.
Direktur Jenderal Pengelolaan Kelautan KKP Koswara menuturkan penetapan kawasan tersebut memperkuat perlindungan ekosistem laut di bentang laut Kepala Burung Papua sekaligus mendukung pemanfaatan sumber daya kelautan dan perikanan secara berkelanjutan.
