Terdapat perbedaan rujukan waktu yang digunakan tiap tipe radio komunikasi di Pusat Kendali Kereta Daop 1 Jakarta, logger lokomotif, logger sistem persinyalan, CCTV KA, dan CCTV Pusat Kendali Kereta Daop 1 Jakarta.
Selain itu, KNKT menyebutkan terdapat masalah pada saluran komunikasi. KNKT menyatakan informasi KRL KA 5568A tertahan di Stasiun Bekasi Timur karena ada kerumunan warga seusai kecelakaan KRL dengan taksi listrik tidak tersampaikan ke petugas PPKP Selatan. Hal itu disebut terjadi karena PPKP Selatan sedang melakukan penanganan seusai kecelakaan KRL dengan taksi listrik.
KNKT menyatakan masinis KA 5568A menghubungi PPKP Selatan melalui panggilan individual dan tidak melalui panggilan emergency. KNKT mengatakan keberadaan beberapa sistem operasi dan peralatan komunikasi di PPKP selatan menimbulkan polusi suara.
KNKT juga menyatakan lokomotif KA Anggrek atau KA 4B menggunakan windshield dengan material polikarbonat dengan kondisi saat ini ditemukan banyak goresan wiper dan swirl mark pada permukaan windshield lokomotif. KNKT menyatakan kondisi itu menyebabkan sumber cahaya lampu terlihat tampak lebih berpendar dengan penyebaran cahaya yang signifikan dari kabin lokomotif.
KNKT juga menemukan masinis KA Anggrek belum pernah mendapat pelatihan skenario pengereman darurat. KNKT juga menyebutkan tidak ada prosedur pengereman darurat saat kecepatan tinggi di rel lengkung.
