Berdasarkan kajian tersebut, penanganan konflik agraria dinilai kerap bergeser terlalu dini dari persoalan struktural mengenai penguasaan, kepemilikan, pemanfaatan, dan pengelolaan agraria menjadi persoalan pidana.
Komnas HAM menilai kondisi tersebut dapat mempertemukan aparat kepolisian dengan masyarakat adat, petani, dan pembela HAM serta memunculkan aduan terkait kriminalisasi, intimidasi, hingga dugaan penggunaan kekuatan berlebihan.
Oleh karena itu, Komnas HAM mendorong penyelesaian konflik agraria melalui mekanisme yang mengedepankan perlindungan HAM dan memastikan hak masyarakat adat serta kelompok rentan terlindungi dalam pelaksanaan reforma agraria.