Setelah itu, posisi Subagyo sebagai Danjen Kopassus digantikan oleh Prabowo.

Karir Subagyo pun semakin meroket hingga akhirnya dia berhasil menjabat sebagai KSAD pada Februari 1998 sampai November 1999.

Subagyo juga tercatat sebagai satu satunya jenderal Angkatan Darat yang menjabat KSAD di tiga periode presiden, yakni Soeharto, BJ Habibie, dan Abdurrahman Wahid (Gus Dur).

Subagyo telah dimakamkan di Taman Makam Pahlawan (TMP), Jakarta Selatan Kalibata dengan tata upacara kemiliteran, siang ini.