Namun, pembagian kewenangan tersebut kerap menimbulkan persoalan ketika hasil penyelidikan Komnas HAM dinilai belum memenuhi persyaratan untuk ditingkatkan ke tahap penyidikan.
"Jadi, apa yang diselidiki diserahkan (kembali). Penyidik bilang, 'Ini kurang, coba kamu tindak lanjuti.' Penyelidik bilang, 'Kemampuan kami sebagai penyelidik cuma sampai di sini.' Ada hambatan-hambatan seperti itu," kata Yusril.
Menurut Yusril, dari 17 kasus dugaan pelanggaran HAM berat masa lalu, hanya empat kasus yang telah diproses melalui pengadilan, sementara 13 kasus lainnya masih belum menemukan titik terang penyelesaian.
Beberapa kasus yang masih mandek, yaitu peristiwa 1965-1966, penembakan misterius (petrus), peristiwa Talangsari, peristiwa Trisakti, peristiwa Jambo Keupok, kasus Semanggi I dan II, kerusuhan Mei 1998, serta penghilangan orang secara paksa periode 1997-1998.
Atas dasar itu, pemerintah memutuskan membentuk pokja lintas lembaga untuk merumuskan mekanisme kerja yang dapat menyelaraskan penyelidikan dan penyidikan agar berkas penanganan perkara tidak terus digantung.
