Pelaksanaan Pemilos dibuat menyerupai tahapan pemilihan umum. Siswa yang memiliki hak suara terlebih dahulu melakukan registrasi sebelum menunggu panggilan menuju bilik suara.
Di bilik suara, pemilih menggunakan komputer yang telah disediakan untuk membuka aplikasi pemungutan suara elektronik dan memilih calon ketua OSIS.
Setelah memberikan suara, pemilih diarahkan menuju tempat pencelupan tinta sebagai tanda telah menggunakan hak pilih.
Bagi sekolah yang mengalami kendala teknis saat pelaksanaan, panitia menyediakan pemungutan suara susulan pada 12 Oktober 2026.
Pratiwi mengatakan Pemilos berbasis pemungutan suara elektronik di Kulon Progo merupakan satu-satunya program serupa di Daerah Istimewa Yogyakarta.
Pada pelaksanaan tahun ini, panitia menambah pengawas di setiap sekolah untuk memperkuat integritas dan transparansi proses pemungutan suara.
“Hasil pemilihan akan ditetapkan oleh Panitia Pemilihan Organisasi (PPO) dan diusulkan untuk SK kepala sekolah. Puncaknya, pengukuhan seluruh Ketua OSIS terpilih akan digelar serentak pada 28 Oktober 2026, bertepatan dengan Hari Sumpah Pemuda,” tambahnya.
Bupati Kulon Progo Agung Setyawan menilai Pemilos penting sebagai wadah pembelajaran bagi pelajar untuk menentukan pilihan, menyampaikan pendapat, menghargai perbedaan, dan menjalankan tanggung jawab.
Bupati juga mengingatkan calon ketua OSIS agar tidak menjadikan popularitas sebagai ukuran utama dalam memperoleh dukungan.