Khalid telah beberapa kali dimintai keterangan eh KPK dalam penanganan kasus dugaan korupsi terkait penentuan kuota dan penyelenggaraan ibadah haji di Kementerian Agama tahun 2023–2024.
KPK antara lain pernah mendalami pengetahuan Khalid terkait pengelolaan ibadah haji serta uang yang diserahkannya kepada lembaga antirasuah dalam proses penyidikan perkara tersebut.
Dalam perkara tersebut, Yaqut didakwa merugikan keuangan negara senilai Rp622,09 miliar lantaran telah mengalihkan dan mengatur penetapan pembagian kuota haji khusus tambahan tahun 2024 sebesar 50 persen tanpa landasan kajian teknis.
Selain itu, ia juga diduga telah melakukan pengisian kuota haji khusus tambahan tahun 2023 dan 2024 dengan Jamaah Haji Khusus Tanpa Masa Tunggu (TO)/Jamaah Haji Khusus dengan Masa Tunggu x Tahun (Tx) tidak sesuai mekanisme yang telah ditetapkan.
Tindakan tersebut dilakukan Yaqut bersama-sama dengan mantan staf khususnya, Ishfah Abidal Aziz alias Gus Alex, Direktur Operasional Maktour Ismail Adham, dan mantan Ketua Umum Kesatuan Tour Travel Haji Umrah RI Asrul Aziz Taba.
