Penyisiran bawah laut difokuskan pada sejumlah titik di sekitar lokasi awal tenggelamnya kapal dengan mempertimbangkan pergerakan arus laut. Area pencarian meliputi perairan Tatawa Besar, Batu Bolong, Mawan, Batu Tiga, dan Sebayur di kawasan Taman Nasional Komodo.
Untuk memperluas jangkauan pencarian, tim SAR gabungan mengoperasikan sejumlah peralatan khusus sejak hari kedua hingga hari ke-10. Selain sonar single beam dan drone bawah air milik Ditpolairud Polda NTT, tim menggunakan remotely operated vehicle (ROV) milik PT Farmindo dan side scan sonar milik Koarmada II TNI AL Surabaya.
Peralatan tersebut didukung armada KM Hiu Macan 03 milik KKP Kupang, RIB Lanal Labuan Bajo, serta KRI Pulau Fani-731. Teknologi tersebut digunakan untuk memindai dasar laut dan membantu mengidentifikasi kemungkinan lokasi korban maupun bangkai kapal di tengah kondisi arus bawah laut yang dinamis.
Irwan mengatakan, satu korban yang masih belum ditemukan berinisial VBJ (23), seorang dive master yang berdomisili di Kompleks Bandara Batu Cermin, Labuan Bajo. Korban tersebut menjadi salah satu fokus pencarian tim SAR gabungan sejak operasi dimulai.
Setelah melalui evaluasi terhadap hasil penyisiran dan pemindaian bawah laut, Basarnas Maumere secara resmi menghentikan operasi pencarian. Hingga operasi ditutup, tim belum menemukan keberadaan korban maupun bangkai utama KM Feronia.
