Belum sebulan berselang, KM Sumber Awal juga dilaporkan tenggelam pada 16 Agustus 2007. Tiga kecelakaan tersebut terjadi dalam rentang waktu yang sangat berdekatan di sekitar kawasan perairan Kepulauan Masalembo.
Sebuah kapal kargo dilaporkan karam di perairan Masalembo pada 8 Juli 2008 atau satu tahun berselang dari insiden tiga kapal tenggelam sebelumnya.
Pada 11 Januari 2009, KM Teratai Prima mengalami kecelakaan di perairan Tanjung Batu Roro. Kapal yang melayani rute Samarinda-Parepare itu tenggelam setelah menghadapi kondisi cuaca buruk. Kapal tersebut diduga muatan melebihi manifes resmi. Tercatat ada 267 penumpang resmi manifes. Namun diperkirakan ada 103 penumpang lain yang tak tercatat.
Dari kecelakaan tersebut, hanya 36 orang yang berhasil diselamatkan. Peristiwa Teratai Prima kembali menambah panjang catatan kecelakaan laut yang kemudian dikaitkan dengan kawasan Segitiga Masalembo.
Beberapa tahun berselang, kecelakaan kembali terjadi di perairan Masalembu. KMP Mutiara Sentosa I terbakar pada 19 Mei 2017. Kapal tersebut berlayar dengan rute Surabaya-Balikpapan.
Api dilaporkan bermula dari area kendaraan atau cardeck dan kemudian membesar. Kapal tercatat membawa sekitar 197 orang. Sebagian besar penumpang berhasil dievakuasi. Namun, lima orang ditemukan meninggal dunia.
Perairan Masalembo kembali menjadi lokasi kecelakaan kapal. KM Virgo Transport 8 terbalik setelah kehilangan kontak di Laut Jawa pada Minggu (13/9/2026). Kapal jenis Ro-Ro tersebut berlayar dari Surabaya menuju Banjarmasin dan membawa 243 orang.
Berdasarkan manifes, penumpang dan awak kapal terdiri dari 30 kru, 27 mitra kerja, 59 penumpang dewasa, satu anak-anak, serta 126 sopir dan kernet. Kapal juga membawa 89 unit kendaraan.
Hingga Senin (14/9), sebanyak 114 orang telah ditemukan. Sebanyak 108 orang selamat dan enam orang meninggal dunia. Sementara 129 orang lainnya masih dalam pencarian.
Kepala Basarnas RI Mohammad Syafii mengatakan, posisi kapal mengalami pergeseran sekitar 1,6 nautical mile atau sekitar 3 kilometer dalam kondisi masih terbalik.