Untuk pemilihan anggota Konstituante, PKI juga memperoleh dukungan besar dengan sekitar 6,23 juta suara dan 80 kursi. Data tersebut menunjukkan bahwa PKI telah kembali menjadi salah satu kekuatan politik utama dalam sistem demokrasi parlementer Indonesia pada pertengahan 1950-an.
PKI dalam politik demokrasi terpimpin
Memasuki masa Demokrasi Terpimpin setelah Dekrit Presiden 5 Juli 1959, konfigurasi politik Indonesia berubah. Kekuasaan politik semakin terpusat pada Presiden Soekarno, sementara persaingan antara kelompok nasionalis, agama, militer dan komunis semakin kuat.
PKI kemudian menjadi salah satu kekuatan politik yang mendukung gagasan Nasakom, yakni penyatuan unsur nasionalis, agama dan komunis dalam kehidupan politik Indonesia.
Pada awal 1960-an, pengaruh PKI semakin besar. Partai tersebut memiliki organisasi massa yang luas dan memperoleh ruang politik yang cukup besar dalam pemerintahan Presiden Soekarno.
Namun, hubungan PKI dengan Angkatan Darat serta kelompok politik dan sosial lainnya semakin tegang. Perselisihan mengenai politik, ideologi, organisasi massa, persoalan agraria dan gagasan pembentukan angkatan kelima menjadi bagian dari dinamika politik menjelang 1965.
Pada malam 30 September hingga 1 Oktober 1965 terjadi penculikan dan pembunuhan terhadap sejumlah perwira Angkatan Darat. Para korban kemudian dibawa ke kawasan Lubang Buaya, Jakarta.
Peristiwa tersebut dikenal sebagai Gerakan 30 September atau G30S. Terdapat perbedaan historiografi mengenai pihak yang bertanggung jawab dan sejauh mana keterlibatan PKI sebagai organisasi dalam peristiwa tersebut.
Narasi resmi pada masa Orde Baru mengaitkan G30S dengan PKI, sedangkan penelitian dan sumber sejarah lain membahas keterlibatan sejumlah aktor dengan tingkat tanggung jawab yang berbeda. ANRI sendiri menekankan pentingnya melihat arsip dari berbagai sumber untuk memahami peristiwa 1965.
Komnas HAM mencatat bahwa peristiwa 1965 diawali dengan penculikan dan pembunuhan sejumlah jenderal pada 30 September 1965. Komnas HAM juga kemudian melakukan penyelidikan mengenai rangkaian pelanggaran HAM berat yang terjadi pada 1965 hingga 1966.
Setelah G30S, kekuatan PKI mulai runtuh
Setelah G30S gagal, situasi politik berubah secara drastis. Angkatan Darat di bawah Soeharto mengambil langkah untuk mengendalikan keadaan dan melakukan tindakan terhadap PKI beserta organisasi serta orang-orang yang dianggap terkait.
Pada akhir 1965 hingga 1966 terjadi penangkapan, pembunuhan, penahanan dan berbagai bentuk kekerasan terhadap orang-orang yang dituduh sebagai anggota atau simpatisan PKI.