Komnas HAM menyatakan bahwa dalam rangkaian peristiwa 1965-1966 terdapat berbagai bentuk pelanggaran HAM, termasuk pembunuhan, pemindahan penduduk secara paksa, perbudakan, penyiksaan, perkosaan, penganiayaan dan penghilangan orang secara paksa.
Rangkaian kekerasan tersebut tidak hanya berdampak kepada anggota PKI, tetapi juga kepada orang-orang yang dituduh memiliki hubungan dengan organisasi tersebut serta keluarga mereka.
Kejatuhan politik PKI mencapai titik penting pada 12 Maret 1966. Pada tanggal tersebut, Soeharto mengeluarkan keputusan yang membubarkan PKI dan menyatakan organisasi tersebut beserta organisasi massanya sebagai organisasi terlarang.
Keputusan tersebut kemudian diperkuat melalui Ketetapan MPRS Nomor XXV/MPRS/1966 yang ditetapkan pada 5 Juli 1966.
Ketetapan tersebut menyatakan PKI sebagai organisasi terlarang di seluruh wilayah Indonesia dan melarang setiap kegiatan untuk menyebarkan atau mengembangkan paham komunisme, Marxisme dan Leninisme.
Ketetapan tersebut masih tercatat dalam hukum Indonesia. Dalam perkembangan selanjutnya, status dan pelaksanaannya harus memperhatikan prinsip hukum, demokrasi dan hak asasi manusia sebagaimana dicatat dalam dokumen hukum MPR.
Pembubaran PKI pada 1966 menandai berakhirnya keberadaan partai tersebut sebagai kekuatan politik resmi di Indonesia. Pada saat yang sama, perubahan politik setelah G30S ikut mempercepat berakhirnya pemerintahan Presiden Soekarno dan munculnya pemerintahan Orde Baru di bawah Soeharto.
MPR mencatat bahwa setelah peristiwa 1965, terjadi perubahan besar dalam struktur politik Indonesia. Soeharto kemudian diangkat sebagai Presiden pada 1968 dan pemerintahan Orde Baru berlangsung hingga 1998.
Sejak saat itu, PKI tidak lagi menjadi partai politik yang diperbolehkan beraktivitas di Indonesia. Pembahasan mengenai PKI, G30S dan kekerasan 1965-1966 kemudian menjadi bagian penting dalam kajian sejarah Indonesia karena menyangkut perubahan politik sekaligus persoalan hak asasi manusia.
Lebih dari enam dekade setelah 1965, peristiwa G30S dan kekerasan yang mengikutinya masih menjadi objek penelitian sejarah. Perbedaan penafsiran terutama berkaitan dengan aktor, motif, tingkat keterlibatan organisasi PKI, serta rangkaian kekerasan setelah G30S.
ANRI pada 2024 menegaskan pentingnya penggunaan berbagai sumber arsip untuk penelitian mengenai PKI dan peristiwa 1965. Lembaga tersebut menyebut arsip Indonesia, Amerika Serikat dan Jepang sebagai bagian dari sumber yang dapat digunakan untuk memperkaya penelitian sejarah.
Dengan demikian, sejarah PKI tidak hanya berkaitan dengan peristiwa G30S, tetapi merupakan rangkaian panjang yang dimulai sejak pertumbuhan gerakan komunis pada awal abad ke-20, mengalami kehancuran setelah Madiun 1948, kembali menjadi kekuatan politik besar pada 1950-an, kemudian runtuh setelah pergolakan politik 1965 dan secara hukum dibubarkan pada 1966.
