Pembangunan Museum Agung Majapahit telah melalui kajian dampak terhadap cagar budaya. Salah satunya melalui ekskavasi arkeologis di lahan yang akan ditempati museum. Dari 50 titik ekskavasi tahun 2025 dan 2026, ditemukan struktur purbakala di 5 titik. Baik berupa struktur bangunan maupun sumur kuno.

"Di luar negeri, justru struktur-struktur itu bagian dari site museum. Bisa menjadi bagian yang dilindungi, diberikan kaca dan lain-lain. Itu saya sudah lihat di berbagai tempat. Dan itu justru menjadikan museum itu lebih menarik lagi. Bahwa kita berada di satu museum yang di bawahnya juga merupakan struktur. Proses penelitian, ekskavasi juga sudah dilakukan di 50 titik ya, tentu yang sudah ditemukan itu perlu kita jaga dan kita lindungi," ujar Fadli Zon.

Tak sekadar sebagai etalase peradaban Majapahit, Fadli Zon mengatakan bahwa Museum Agung Majapahit digadang-gadang jadi pusat ekonomi budaya baru di Indonesia.

Ia berkaca dari Museum Versailles di Prancis yang menghasilkan Rp 30 miliar per hari hanya dari tiket para wisatawan. Belum termasuk penjualan suvenir dan mamin (food and beverage).

"Di berbagai tempat kalau di negara-negara barat, di negara-negara yang sudah lama menjadikan museum itu sebagai bagian ekonomi budaya, museum itu tidak saja sekadar etalase budaya dan etalase peradaban mereka, tapi juga bagian dari ekosistem ekonomi budaya yang berkelanjutan, ekonomi budaya yang sirkular yang berkelanjutan," tegasnya.

Dirjen Pelindungan Kebudayaan dan Tradisi Kementerian Kebudayaan, Restu Gunawan menambahkan Museum Agung Majapahit dibangun dengan konsep Surya Majapahit. Konsep ini diterjemahkan menjadi 4 kuadran.