Investigasi Junta de Investigaciones de Accidentes de Aviación Civil (JIAAC) menyimpulkan bahwa pilot (Gustavo Weigel) dan kopilot (Luis Etcheverry) lupa mengepakkan flaps yang berfungsi meningkatkan daya angkat pesawat.
Pilot mengabaikan suara alarm peringatan yang berbunyi selama 52 detik mengenai posisi flaps yang salah dan tetap memacu kecepatan hingga melewati batas kecepatan V1.
Pada tahun 2005, sejumlah eksekutif LAPA dan pejabat Angkatan Udara diajukan ke persidangan. Kemudian, pada tahun 2010, dua pimpinan LAPA sempat dijatuhi hukuman 3 tahun penjara percobaan. Namun, vonis tersebut dibatalkan pada tahun 2014 oleh Mahkamah Kasasi Federal karena kasusnya dinyatakan kadaluarsa.
