Pengguna Commuter Line Bandara YIA bisa melakukan pembelian dan pemesanan tiket perjalanannya hingga tujuh hari ke depan melalui Aplikasi C-Access atau Access By KAI yang sistem ticketingnya sudah terintegrasi dengan layanan Commuter Line lainnya yang ada di Area Yogyakarta. Di samping juga bisa dilakukan melalui website airport-train.kci.id serta Vending Machine yang tersedia di stasiun.
Dalam layanannya, Commuter Line Bandara YIA tetap memiliki dua layanan yaitu layanan Commuter Line Bandara YIA Public Service Obligation (PSO) atau layanan dengan tarif subsidi dan layanan Commuter Line Bandara YIA Ekspres. Dengan total 50 perjalanan setiap hari yang melayani relasi Stasiun Yogyakarta - Stasiun Bandara YIA.
Selain itu, Purnomo menambahkan bahwa layanan Commuter Line Bandara YIA PSO memiliki jadwal 24 perjalanan PP dengan stasiun layanan naik-turun pengguna yaitu Stasiun Yogyakarta - Wates - Stasiun Bandara YIA. Sedangkan untuk layanan Commuter Line Bandara YIA Komersial memiliki jadwal 26 perjalanan PP dengan stasiun layanan naik-turun pengguna hanya Stasiun Yogyakarta - Stasiun Bandara YIA.
Untuk peningkatan layanan, KAI Commuter juga akan memberlakukan bundling tiket kepada pengguna Commuter Line Bandara YIA akan terintegrasi dengan layanan Commuter Line Yogyakarta-Palur maupun Commuter Prameks. Selain itu peningkatan layanan dan fitur aplikasi pemesanan tiket juga akan dikembangkan dalam waktu dekat ini.
