Lebih lanjut Wamenag mendorong pembaharuan cara pandang kurikulum di madrasah dan pesantren dengan menghapus dikotomi lama antara ilmu umum dan ilmu agama.
Bagi Romo, ilmu-ilmu sains seperti geologi kebencanaan, matematika, fisika, kimia, dan biologi pada hakikatnya merupakan bagian integral dari pendidikan keagamaan yang memperkuat pemahaman atas ciptaan Tuhan.
“Jangan lagi ada sekat 'ini ilmu umum, ini ilmu agama'. Kimia, biologi, matematika, maupun sains kebencanaan hakikatnya adalah bagian dari pendidikan agama. Santri yang sedang mendalami ilmu apa pun sesungguhnya tengah menjalankan proses pendidikan Islam,” katanya.
