Keunikan Sekolah Alam Anak Pesisir terletak pada pendekatan pembelajaran 3E, yaitu Ekologi, Edukasi, dan Ekonomi. Kawasan mangrove, pesisir, serta ruang terbuka dimanfaatkan sebagai media belajar langsung melalui kegiatan menanam dan merawat mangrove, mengenal ekosistem pesisir, memainkan permainan tradisional, hingga memahami potensi ekonomi lokal.
Pengembangan program dilakukan secara bertahap. Pada 2024, kegiatan difokuskan pada pembentukan kelompok, pembangunan Rumah Literasi sebagai ruang pembelajaran, serta peningkatan kapasitas melalui benchmarking ke Anak Alam Learning House di Sumbawa, NTB. Pada 2025, program mengembangkan Kurikulum 3E sebagai acuan pembelajaran. Selanjutnya, pada 2026, pengembangan Pertakid dilakukan sebagai media pembelajaran bagi peserta didik Sekolah Alam Anak Pesisir.
