Transkripsi rekaman yang ada dalam laporan KNKT juga menunjukkan percakapan berulang yang dilakukan masinis KRL tertemper taksi dengan PPKP selatan. PPKP selatan berulang kali bertanya kondisi yang dialami oleh masinis. Proses tersebut memakan waktu hingga 3 menit 20 detik. Kekacauan komunikasi itu, menurut KNKT, menyebabkan PPKP selatan dan PPKP timur tidak menerima informasi situasi dengan tepat.

KNKT juga mengungkap banyaknya goresan pada kaca lokomotif KA Anggrek menyebabkan gangguan visibilitas masinis. KNKT menyebut ada pendaran cahaya berlebih akibat kaca yang banyak goresan. KNKT menyebut lokasi sinyal blok B104 yang terletak setelah lengkung nomor IP.MC22D dan baru terlihat dari jarak 410 meter sebelum sinyal tidak memenuhi jarak tampak minimum 600 meter yang diatur dalam Peraturan Menteri Perhubungan Nomor 44 Tahun 2018. KNKT mengatakan ada juga Sinyal Pembantu UB104 yang menunjukkan indikasi aspek pada sinyal utamanya, yaitu sinyal blok B104.

KNKT menemukan sinyal pembantu UB104 itu menggunakan lampu bohlam LED berwarna putih yang disusun berjajar lima buah dengan aspek vertikal, diagonal, dan horisontal sehingga cahaya lampu dari UB104 sulit dibedakan dengan pencahayaan dari kawasan permukiman karena banyaknya lampu dengan warna dan intensitas yang serupa di sekitar lokasi tersebut.

KNKT menyebut masinis telah melakukan beberapa tahap pengereman. Mulai dari fase service brake hingga emergency brake. Masinis mempertahankan pengereman full service pada posisi jarak 611 meter hingga 322 meter sebelum lokasi tabrakan. Pengereman full service dilakukan setelah masinis melihat sinyal blok B104 menunjukkan aspek merah.

KNKT menyebut fase emergency brake berlangsung selama 25 detik mulai pukul 20.51.56 hingga 20.52.21. Emergency brake diaktifkan pada Km 28+588 atau sekitar 275 meter sebelum KA 4B (KA Anggrek) menabrak KRL KA 5568A di Km 28+915. KNKT menyatakan emergency brake dilakukan setelah melewati jalur lengkung untuk mencegah KA terguling akibat emergency brake pada kecepatan tinggi.

KNKT juga menyatakan tidak terdapat prosedur pengereman darurat saat kecepatan tinggi di jalan rel lengkung. KNKT juga menemukan kalau masinis KA Anggrek belum pernah mendapat pelatihan skenario yang membutuhkan emergency brake.

"Berdasarkan pasal 40 PD 16A, pengereman darurat harus dilakukan dengan mempertimbangkan keselamatan penumpang dan rangkaian KA. Akan tetapi, tidak terdapat prosedur yang menjadi acuan untuk taktis pengereman darurat saat kecepatan tinggi di jalan rel lengkung sehingga taktis pengereman darurat dilakukan berdasarkan penilaian subjektif masinis," tulis KNKT.