Gagasan itu terus terbawa dalam perjalanan kariernya. Ginandjar kemudian dipercaya menjadi Menteri Pertambangan dan Energi serta Menteri Negara Perencanaan Pembangunan Nasional/Kepala Bappenas. Ia menjadi salah satu teknokrat yang ikut berperan dalam merumuskan kebijakan pembangunan dan penguatan ekonomi nasional. Tetapi perjalanan panjang itu tidak selalu berlangsung dalam suasana yang tenang.
Salah satu episode paling dramatis terjadi pada 20 Mei 1998. Saat itu, Indonesia berada di tengah krisis ekonomi dan politik yang semakin dalam. Ginandjar bersama 13 menteri lainnya menyatakan tidak bersedia bergabung dalam kabinet baru yang hendak dibentuk Presiden Soeharto. Sikap tersebut kemudian disampaikan melalui surat yang dikenal sebagai Deklarasi Bappenas.
Keputusan itu membuat mereka sempat dituding sebagai "brutus"-orang-orang yang dianggap mengkhianati pemimpin yang telah membina dan memberi mereka kepercayaan selama bertahun-tahun. Namun, beberapa hari kemudian, sebuah surat memperlihatkan bahwa hubungan Ginandjar dengan Soeharto ternyata jauh lebih kompleks daripada sekadar hubungan tim redaksi seorang bawahan dan atasan yang berakhir dengan pengkhianatan.
Setelah Ginandjar dipercaya Presiden BJ Habibie menjadi Menko Ekuin dalam Kabinet Reformasi Pembangunan, Soeharto justru mengirimkan ucapan selamat. "Selamat atas pengangkatannya sebagai Menteri pada Kabinet Reformasi Pembangunan. Semoga sukses dalam pengabdian," tulis Soeharto dalam surat tertanggal 22 Mei 1998. Lima hari kemudian, Ginandjar membalas surat tersebut.
Ia menyampaikan terima kasih sekaligus menjelaskan alasan pengunduran dirinya bersama para menteri lainnya. Keputusan itu, tulis Ginandjar, diambil karena menurut pandangan mereka merupakan langkah terbaik bagi bangsa dan negara. "...sama sekali tidak ada niat di hati kami sekecil apa pun untuk berkhianat kepada Bapak," tulisnya.
Surat-surat itu memberi gambaran lain tentang Ginandjar: seorang teknokrat yang berada dalam pusaran kekuasaan, tetapi pada titik tertentu harus mengambil keputusan politik yang menurutnya diperlukan bagi negara.
Perjalanan Ginandjar setelah runtuhnya Orde Baru juga tidak sepenuhnya mulus.Pada masa pemerintahan Presiden Abdurrahman Wahid, ketika tengah berada di Boston, Amerika Serikat, Ginandjar tergopoh-gopoh kembali ke Jakarta setelah dipanggil Kejaksaan Agung terkait tudingan korupsi.
